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Derrocamiento y muerte

Artículo principal: Golpe de Estado en Guinea Ecuatorial de 1979

Para 1979, la represión de Macías afectaba incluso a sus más allegados, incluyendo a integrantes del clan Esangui. 25​

El 3 de agosto de 1979, su sobrino Teodoro Obiang Nguema organizó, con la ayuda de antiguos compañeros de armas encarcelados (Eulogio Oyó y otros), un golpe de estado que derrocó a Macías. Tras las refriegas militares que duraron una semana, el dictador se refugió en la selva, y allí fue detenido poco tiempo después.

Su sobrino, Teodoro Obiang, que acabaría siendo a su vez el nuevo dictador, le sometió a un juicio sumarísimo utilizando el Código de Justicia Militar español, en el que fue acusado, entre otras cosas, de genocidio, deportaciones masivas y apropiaciones indebidas. Fue condenado a muerte el 29 de septiembre de 1979 y fusilado inmediatamente. 217​

Hoy en día, Francisco Macías Nguema está considerado como uno de los líderes más cleptocráticos, sangrientos y crueles en la historia del África post-colonial. Ha sido comparado a Pol Pot por la naturaleza violenta, imprevisible y anti-intelectual de ambos regímenes. 197​