Desde las naves laterales, mediante dos escaleras monumentales, se accede a la cripta que recibe las reliquias del santo. De particular relevancia es la coexistencia al interior de la cripta de una capilla ortodoxa y, por lo tanto, de dos altares: uno es dedicado al ritual católico y el otro al ritual ortodoxo, (único ejemplo en el mundo católico a testimonio de la vocación ecuménica de la tierra de Bari). La basílica ha mantenido por los siglos su función de polo de romería, representando un punto de referencia para devotos procedentes de cualquier parte del mundo, sobre todo de la Rusia ortodoxa, particularmente devtos al santo. Elementos característicos de la cripta son los capiteles muy diferentes entre ellos y algunos llamados “bifronte”. En el rincón a sur, se encuentra la columna “milagrosa” de pórfido.