Con el toro del 28 de marzo de 1489, el Papa Inocencio VIII declaró extinta la Orden de los Canónigos del Santo Sepulcro y decretó que su propiedad fuera transferida a la Orden del Hospital de San Juan de
Jerusalén y de Rodas. A partir de este momento la iglesia, asumida la denominación actual, pertenecía a esta Orden.