A finales del siglo XI el lugar estaba en decadencia, con la iglesia medio en ruinas y las dependencias monásticas que fueron incendiadas en 1042. Seguidamente, el 1048, de acuerdo con el conde de Tolosa y el obispo de Cahors, Moissac se puso bajo la protección de Cluny. El hecho de convertirse en una abadía cluniacense impulsó su recuperación, tanto económica como espiritual. En 1078 le fue anexado el monasterio de Sant Pere de Camprodon. El 1063 se consagró una nueva iglesia y el 1100 se acabó el claustro. Esta situación de bonanza se prolongó en el tiempo, hasta la mitad del siglo XIV, cuando la Guerra de los Cien Años la afectó. Durante un corto periodo de tiempo dependió la canónica de San Sernin de Toulouse.

(8 de Julio de 2006)