El interior con planta de cruz latina commissa, es decir con el transepto puesto al final de la nave, está dividido longitudinalmente en tres naves por columnas y pilares maestros. La nave central está cubierta por un espléndido techo de madera, ricamente decorado por el pintor bitontino Carlo Rosa. Al final de la nave central, se encuentra el altar mayor, superado por el más antiguo tabernáculo de
Apulia, del siglo XII, y el ábside que hospeda la “Cattedra di Elia ”, silla episcopal de mármol, de fines del siglo XI y principios del siglo XII.