El interior es bastante espectacular, ya que tiene múltiples retablos al más puro estilo portugués, destacando el de la Capilla de Ntra. Sra de los Mares (de 1.618), el Sagrado Corazón de Jesús, y el del Altar Mayor, obra de José Álvarez
Braga de Araújo, todo revestido de talla dorada y considerado una obra maestra del rococó a nivel europeo. La Igreja e Convento de São Domingos tiene su origen en el convento de Santa Cruz fundado por el dominico Fray Bartolomeu dos Mártires (1514-1590), antiguo arzobispo de Braga.