Terminada su enseñanza, en 1551, fray Bartolomeu dos Mártires suspendió sus lecciones y acudió al Capítulo General, celebrado en Salamanca, para recibir el título de Maestro en Teología. En 1552, el Fraile fue llamado a
Évora para ejercer la función de Maestro de D. Antonio, futuro Prior de Crato y pretendiente a la corona portuguesa, en un colegio fundado por D. Henrique y con la dirección de los jesuitas. sacerdotes No se sabe mucho sobre su trabajo en este momento, solo que esta experiencia sirvió para desarrollar sus relaciones políticas y su espiritualidad.