Fue consagradoel 3 de septiembre de 1559, en el Convento de São Domingos en
Lisboa, de manos de Dom João Soares, OSA, obispo de
Coimbra, asistido por Dom Julião de Alva, obispo de
Portalegre y por Dom Pedro Fernando, obispo titular de Hippos. La ciudad de
Braga estaba entonces “bajo fuego” con la detención de 23 importantes comerciantes en el año anterior, bajo la influencia de Baltasar Limpo y un Cabido da Sé igualmente comprometido con las actividades del santo oficio inquisidor. Y esta fue la primera gran revolución que protagonizó Bartolomeu: restaurar la paz social en la capital del Arcipreste.